上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已显现出广的微生物可溶性，涵盖抗肉瘤和抵抗疾病毒能力。一般是，三萜是使用甲羟戊酸路经炼制的，并从本身树种和细菌中导出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上刊发了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探究论文题目。该探究表明三萜类单质野生灵芝粉酸（GA）是使用透明液体教育培养的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物转为生产的。利用转录组和氨基酸质组学系统性进步骤探索世界无柄虫草菌丝体中DHT生产五种虫草酸（GA）的新机制，并表明几组学系统性验测到的对比分析化dna和对比分析化氨基酸，预测出DHT 动物分解 GA 的方法。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和模块类别

可以通过对无柄虫草白色念珠菌菌丝体确定转录组测序共得以67230个转录本和14295个单表观遗传。在那些单表观遗传中，494个被鉴定会为的差异把你想描述出来表观遗传（DEGs），之中213个把你想描述出来调整，279个把你想描述出来再降（图1A）。GO含有探讨后，DEGs涵盖生物体时候中（BP）、血体细胞成分表（CC）和团伙功能模块（MF）3类。在BP类中，突然出现了前四个子类：四环素吸附分解新陈排泄率率时候中，冰醋酸盐分解新陈排泄率率时候中和甲酸盐分解新陈排泄率率时候中 ;而在CC类中，血体细胞外区、突触组合体、突触结构特征是前四个亚类。针对于MF类，甲酸脱氢酶（NAD）渗透性、氧化反应恢复原酶渗透性和酸氨（或酰胺）拼接酶渗透性是前四个亚类（图1B）。在DEGs的KEGG卫星信号卫星信号信号通路探讨中，前30条含有度最好的卫星信号卫星信号信号通路中含27条包括分解新陈排泄率率，之中甲烷气体分解新陈排泄率率、乙醛酸盐和二羧酸盐分解新陈排泄率率、丙酸盐分解新陈排泄率率卫星信号卫星信号卫星信号信号通路为显著含有（图1D）。

图1|转录混合物析和基本功能分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄虫草病菌菌丝体对其展开血清酶质组学分享，共设制定了16,457种独特性肽、2606种血清酶质和2588种化学发光法血清酶质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的建立條件下，将在2606种血清酶质中，94种被鉴别为区别把你想传达出来血清酶（DEPs），至少52种调涨，42种下跌（图2A），图2C出现了区别把你想传达出来血清酶的聚类算法分享热图。从GO分享看下，BP行业类别出现，绝对多数是数DEPs陆续参与乙酸盐新陈产生操作的的时候、抗生素类葡萄糖空气硫化的新陈产生操作的的时候和抗癫痫药物葡萄糖空气硫化的新陈产生操作的的时候。CC类DEPs在体人体组织细胞核外区、过空气非金属硫化物酶体和微体中比重非常高，空气硫化保存酶几丁质酶和甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶在MF类中DEPs的占比非常高（图2B）。与转录组最后类似的，KEGG径路分享出现，大多数DEPs在新陈产生中丰度，至少3条最丰度的渠道是光合生物工程制品中的碳特定、碳新陈产生和MAPK电磁波径路（图2D）。凡此种种，在分享GO信息库的CC对DEPs对其展开亚体人体组织细胞核手机定位分享和注音（图2E），DEPs最其主要的分布区在体人体组织细胞核质（40.66%）、体人体组织细胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），认识论上是GAs生物工程制品组成的最其主要的地位。

图2|球营养物质组的化学发光法剖析和功能表核实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

养家糊口物转换和对应组待选DEGs和DEPs生产制作了维恩图，有20个距离展现dna（图3A）。对转录组和球氨基酸组中E组和C组公有的DEGs/DEPs实现聚类概述概述，发掘mRNA和球氨基酸间有12个调整dna和2个下跌dna，DEGs和它的翻意的DEPs展现含量呈正涉及，根据Pearson的涉及常数概述，在转录组和球氨基酸组间的检测到较为较高的涉及性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检验报告单出现，E组和C组18个DEGs的传达出水平面对比有明显，另外9个为调整DEGs，俩个为上涨DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的传达出趋势英文与转录多组分析报告单同一。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测数据分析和功能模块认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

返回列表

「上一篇」Mol Cell（IF=16.6）| 保持年轻的秘密？LiP-MS检测揭示细胞衰老相关机制

「下一篇」Nat Metab（IF 20.8）｜代谢组学流行病学为疾病提供病因见解(上）